Zwergseidenäffchen leben in Gruppen von zwei bis neun Tieren, die aus ein bis zwei Männchen, ein bis zwei Weibchen und den Jungtieren bestehen. In dieser Gruppe ist ein Weibchen dominant und ist damit auch das einzige, das sich fortpflanzt.
Die Gruppen bewohnen sehr kleine Reviere, die sich oft nur um einen größeren Baum erstrecken, der zum Lecken von Baumsäften geeignet ist. Versiegt der Baumsaft, wird in der näheren Umgebung ein neuer Baum als Revierzentrum gesucht. Die Bäume werden praktisch nie verlassen, zu benachbarten Gruppen besteht meist nur wenig Kontakt.